施工会社より引渡しを受け、残金支払いをするのだが、契約内容の未施工部分があり減額の申し入れをしたい。
また、引き渡し後、追加の見積が出てきた。内容は契約時の設計図（確認申請図面と同様）から開口部などの形状変更や内装の仕上げ材の色彩変更に伴う増額であったがいずれも設計者の指示によるものでありこれらの変更について増額が発生することは聞いていない。
また、瑕疵担保履行法による現場検査時において、基礎の鉄筋量の不足を指摘された費用も含まれていた。 今後の進め方はどうしたらよいか。

未施工部分については設計者が精算するのが一般的（設計・監理業務の一環）です。
設計者は変更等が生じたとき、施主、施工者に確認を求め打ち合わせ記録を作成するのが一般的であり、その時点で増額するかどうかが明らかとなるはずです。
また追加見積書とは施主が変更を依頼したものの差額などが追加見積となるのであり、内容から察するに請負金額に含まれるものと設計ミスによる追加であるように思われますが、施工者、設計者を交え追加見積書の内容の説明を聞き交渉してください。
交渉の結果によるが、第三者の建築士と弁護士に相談することになる可能性があります。